Mestrelab —unha empresa galega que se dedica ao desenvolvemento de software científico aplicado, na súa maioría, á investigación química e biotecnolóxica— lanza SCI-DATA: trátase dun sistema composto de múltiples programas que permiten xestionar, estandarizar e procesar grandes volumes de datos científicos, en especial datos espectrais, procedentes de múltiples fontes.
Esta plataforma busca facilitar a interoperabilidade da información, así como acelerar os procesos investigadores ao optimizar as fases de estandarización e análise. Está solución tecnolóxica ten especial relevancia nos sectores químicos, farmacéuticos e, en xeral, das ciencias da vida, onde é necesario manexar inxentes cantidades de datos científicos. Isto supón un avance no tratamento de información resultante de técnicas como a resonancia magnética nuclear (RMN), a espectrometría de masas (LC/GC-MS) e distintas modalidades de espectroscopía, todas elas moi empregadas na análise química, farmacéutica e biomédica.
Scidata, unha solución al problema dos datos
As esixencias en canto á calidade e a seguridade dos produtos derivados da industria química requiren procesar moitos datos para, con iso, buscar a maior precisión posible nos resultados. Isto supón un reto técnico importante: poder utilizar a información, habitualmente fragmentada ou en formatos incompatibles ou non estandarizados, nun estudo no que se precise a interoperabilidade da mesma.
O director de Desenvolvemento de Software de Mestrelab, Felipe Seoane, explica que os clientes da empresa adoitan traballar con bases de datos antigas, que se rexen por estándares en desuso ou, canto menos, obsoletos, e agora se atopan ante a necesidade de acceder a elas mediante formatos que permitan análises en programas máis novos.
“SCI-DATA formula unha solución a este problema: toma datos de múltiples fontes, en formatos diversos, e aplica estándares coñecidos e asentados na industria para asegurar que a información poida tratarse no seu conxunto”, asegura o director. Un dos marcos que emprega este programa, como conta Seoane, é o ‘Allotrope‘: é un estándar de código aberto e dominio público do uso de datos de laboratorios farmacéuticos e biotecnolóxicos. O seu obxectivo é unificar a información para eliminar o erro humano e, con iso, mellorar a reproducibilidade dos procesos, investigacións e tratamentos.
Unha metodoloxía FAIR
“O noso programa non só é un conversor de datos, senón que, unha vez estandarizados, pretendemos que sexan resultados FAIR analizables”, explica Seoane. Os principios FAIR (Fiable, Accesible, Interoperable, Reusable) son un marco de calidade que rexe as contribucións científicas coa fin de garantir que a infirmación, os procesos, a metodoloxía e os resultados poidan empregarse de xeito sinxelo e eficiente en diferentes investigacións, levadas a cabo por diferentes entidades.
Con este estándar en mente, SCI-DATA automatiza os procesos de xestión, análise e conversión de formatos para mellorar a súa operabilidade dunha maneira accesible e que volve os datos usables.
O fluxo de traballo da verificación
“SCI-DATA ten dous compoñentes: a estandarización dos datos e a súa análise e procesado”, sinala Seoane. O director de desenvolvemento de software explica que Mestrelab ofrece un fluxo de traballo predefinido, denominado ‘verificación’, que logo poderá adaptarse en certa medida ás necesidades de cada investigación. “Comezan con datos espectrais que hai que procesar nunha fase de ‘lavado’ e refinamiento previa. Logo, comparámolos con predicións feitas en base a datos xa existentes, para as que usamos unha IA”, conta Seoane.
Mediante este proceso, o programa comproba se os espectros son compatibles coa proposta. Deste xeito, en función de resultados e datos previos, ofrece unha adaptación fiable dese input ao formato desexado.
Felipe Seoane pon como exemplo a talidomida: “É unha molécula que presenta dúas configuracións, unha como medicamento e outra como un veleno. SCI-DATA valeríase desa caracterización coñecida para analizar se é unha ou outra”.
O futuro do proxecto
O director de desenvolvemento de programas de Mestrelab asegura que o sistema estará en constante actualización, en especial nos próximos meses, nos que se realizará un seguimento do funcionamento de SCI-DATA en contornas reais, fóra dos laboratorios nos que se creou. “Queremos velo en empresas interesadas en probar o sistema para valorar se é robusto. Xa está validado nos nosos sistemas, pero queremos comprobalo en contextos reais”, indica Seoane.
Mestrelab conta que as súas expectativas son poñer a disposición do usuario o programa ao longo deste ano. “Pero dependerá de como evolucionen as autorizacións e as probas”, engade Seoane.
