A mecha que prendeu a pandemia: un xenotipo do virus xerou o 60% dos primeiros casos

Unha análise do CSIC, con participación de investigadores galegos, describe a diversidade xenómica de mostras de SARS-CoV-2 recollidas en hospitais

Distribución das mostras analizadas polo consorcio SeqCOVID. As cores determinan as diferentes liñaxes do SARS-CoV-2. Fonte: CSIC.
Distribución das mostras analizadas polo consorcio SeqCOVID. As cores determinan as diferentes liñaxes do SARS-CoV-2. Fonte: CSIC.

Por qué ‘estoura’ a Covid-19 nunha área determinada? Que grao de relevancia teñen os chamados ‘supercontaxiadores‘, ou as diferentes variantes no xenoma do coronavirus SARS-CoV-2 nas que podería residir unha meirande infectividade? Unha investigación desenvolvida durante os últimos meses por decenas de investigadores coordinados polo CSIC, denominado como consorcio SeqCOVID, presentou este luns os resultados dun informe nos que se amosa o mapa da diversidade xenómica do virus durante os tres primeiros meses da pandemia en España, ao longo da primeira onda. O traballo contou coa achega de investigadores do Sergas nos hospitais de Santiago, A Coruña e Vigo ou do CiMUS da USC, que recolleron e procesaron xenomas de pacientes infectados en Galicia.

Múltiples entradas e eventos de propagación

Para seguir o trazo de propagación do virus, o equipo estudou 2.170 secuencias dos meses de febreiro, marzo e abril, nas que se constatan un mínimo de 519 entradas do virus en España, polo que se desbota a existencia do suposto único paciente cero. Non todas tiveron “éxito epidemiolóxico”, é dicir, só unhas poucas estiveron nas condicións axeitadas para xerar eventos de gran dispersión. Porén, as poucas que callaron, expón o equipo de SeqCOVID, “tiveron un gran peso na epidemia”.

O estudo describe, nomeadamente, varios episodios clave: o partido de fútbol Atalanta-Valencia, en Bérgamo, un dos epicentros da pandemia en Italia, que se xogou o 19 de febreiro, provocou entradas múltiples do virus cara Comunidade Valenciana e tamén cara a Madrid. Neses días, a celebración de feiras de arte en Madrid e Milán tamén se vinculan a grandes episodios de contaxio. Do mesmo xeito, a finais de febreiro, un funeral en Vitoria actuou como un evento de superdispersión cara ao País Vasco e La Rioja, e posteriormente cara ao resto do territorio peninsular. Todos estes eventos están vinculados a un xenotipo do virus, o SEC8, que se propagou no tempo no que aínda non se declarara o primeiro estado de alarma vinculado á pandemia e as persoas movíanse sen restricións e sen medidas de prevención.

Eventos relacionados co éxito epidemiolóxico do xenotipo SEC8. Fonte: CSIC.
Eventos relacionados co éxito epidemiolóxico do xenotipo SEC8. Fonte: CSIC.

“Entre as secuencias analizadas identificouse un xenotipo que xerou o 30% de todos os casos secuenciados, chegando a representar un 60% na primeira semana de marzo”, indica Iñaki Comas, investigador do Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC) e un dos líderes da investigación. “Unha reconstrución detallada do xenotipo demostra que se introduciu múltiples veces e simultaneamente desde Italia, polo menos en Madrid e Valencia, antes de que o país transalpino dese a voz de alarma”, destaca. Os eventos de superdispersión e a alta mobilidade entre as provincias provocou que este xenotipo se convertese no máis abundante da primeira onda.

A investigación destaca, tamén, que a radiografía do avance da pandemia non segue unha orde estritamente cronolóxica. Explícao co caso da primeira morte detectada en España, un home que morreu o 13 de febreiro en Valencia despois de regresar dunha viaxe a Nepal o 30 de xaneiro. O caso foi identificado nunha autopsia posterior por mor da sospeita de que o cadro que padecía o paciente puidese ser causado polo SARS-CoV-2, xa que segundo os criterios marcados nese momento polo Ministerio de Sanidad, a carencia de vínculo directo con China impediu a realización de probas diagnósticas para a infección polo virus. Con todo, descartouse que esta persoa fose un dos pacientes ‘cero’ da pandemia, xa que nin nos estudos epidemiolóxicos nin nas análises realizadas se puido constatar que esta persoa xerase algún caso secundario.

Unha “diversidade única”

Tal e como xa apuntaran investigacións previas, o estudo de SeqCOVID constata unha “diversidade única” do SARS-CoV-2 comparada co resto de países da Unión Europea. Isto é debido, segundo os autores do informe, “á introdución temperá de liñaxes que se orixinaron na China ao principio da epidemia e cuxa representación no resto de países europeos é moito menor”, e que no caso de España supuxeron “os maiores motores da epidemia inicial”. Esta diferenza obsérvase na distribución destas liñaxes por países europeos e euroasiáticos, onde a variante A representa en España preto do 40% do total das mostras analizadas. 

Distribución das liñaxes máis comúns na rexión europea da OMS, ata o 10 de xullo de 2020. Fonte: CSIC/GISAID.
Distribución das liñaxes máis comúns na rexión europea da OMS, ata o 10 de xullo de 2020. Fonte: CSIC/GISAID.

“Aínda que as liñaxes non nos deixan ver o gran fino da dispersión do virus en España, si nos dan unha idea da diversidade e da importancia temporal de cada un deles”, polo que serán unha información “importante máis adiante na análise detallada da epidemia en España”, destaca o informe.

A importancia das medidas temperás

As análises tamén demostran, segundo os autores do traballo, a alta efectividade do confinamento durante marzo e abril, que practicamente eliminou estes xenotipos exitosos, xa que non se volveron a detectar na segunda onda. “De feito, na segunda onda están a verse novos xenotipos aparecer con patróns similares aos mencionados neste traballo”, di Iñaki Comas.

O investigador advirte que “unha das mensaxes máis importantes extraídas do informe é a necesidade de tomar medidas de restrición a tempo para conter estes xenotipos antes de que se espallen e teñan un peso tan importante na epidemia. Como ocorre noutras partes do mundo, ao éxito destes xenotipos contribúe unha combinación de múltiples introducións asociadas a eventos de superdispersión e a unha alta mobilidade”.

Ademais, o informe suxire a necesidade de implementar sistemas de vixilancia temperá que identifiquen a expansión dun determinado xenotipo localmente e entre provincias, de tal maneira que se poidan tomar decisións informadas sobre as actuacións para realizar para contelos.

Máis recursos

Os autores do traballo salientan, do mesmo xeito, que se trata dun proxecto baixo desenvolvemento, que podería ser susceptible de cambios segundo novas evidencias dispoñibles, e que non se trata dunha publicación científica revisada por pares, senón dun informe para as autoridades sanitarias.

Neste sentido, os participantes en SeqCOVID destacan varias limitacións ás que tiveron que facer fronte durante estes meses. Entre outros aspectos, expoñen que “non existe unha rede de interacción entre os hospitais e os centros de secuenciación xenómica para recoller a maior porcentaxe de mostras posibles”, lamentan as dificultades para o acceso aos datos dos servizos de microbioloxía, tanto por razóns loxísticas como por impedimentos legais ou burocráticos, e expoñen que as carencias de persoal pola falta de financiamento dificultaron o procesamento en tempo real de mostras, o que demorou a publicación do informe e, en xeral, o traballo dos investigadores que participaron nel.


Referencia: Informe do proxecto COV20/00140 – “Una perspectiva genómica de la pandemia: lecciones en salud pública” (Dispoñible no repositorio do CSIC, nesta ligazón).

DEIXAR UNHA RESPOSTA

Please enter your comment!
POLÍTICA DE COMENTARIOS:

GCiencia non publicará comentarios ofensivos, que non sexan respectuosos ou que conteñan expresións discriminatorias, difamatorias ou contrarias á lexislación vixente.

GCiencia no publicará comentarios ofensivos, que no sean respetuosos o que contentan expresiones discriminatorias, difamatorias o contrarias a la ley existente.

Please enter your name here

Este sitio emprega Akismet para reducir o spam. Aprende como se procesan os datos dos teus comentarios.