Unha ferramenta creada en Galicia para analizar as variantes do SARS-CoV-2

Os investigadores Antonio Salas e Federico Martinón impulsan CovidPhy, que permite coñecer os xenomas que máis impacto tiveron nos eventos de 'supercontaxio'

Os investigadores Antonio Salas (esquerda) e Federico Martinón. Foto: Santi Alvite/USC.
Os investigadores Antonio Salas (esquerda) e Federico Martinón. Foto: Santi Alvite/USC.

Un grupo de investigadores do Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS) de Santiago de Compostela, no que toman parte a USC e o Sergas, desenvolveu a ferramenta de análise CovidPhy.  O seu obxectivo é facilitar a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con Covid-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas, “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”.

Así a definen os seus creadores, os profesores da USC Antonio Salas e Federico Martinón e o seu grupo de investigación. Trátase dunha ferramenta para a análise  filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises.

Con estas análises, unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo

Supercontaxio

Segundo explican os impulsores, CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de  supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus  secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico Martinón subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de  secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica”.

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais. Antonio Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros  patóxenos”.

Ademais de Salas e  Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en  Saúde (ACIS) e a Axencia  Galega de Innovación  GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.


Referencia: CovidPhy: A tool for phylogeographic analysis of SARS-CoV-2 variation (Publicado en Environmental Research).

DEIXAR UNHA RESPOSTA

Please enter your comment!
POLÍTICA DE COMENTARIOS:

GCiencia non publicará comentarios ofensivos, que non sexan respectuosos ou que conteñan expresións discriminatorias, difamatorias ou contrarias á lexislación vixente.

GCiencia no publicará comentarios ofensivos, que no sean respetuosos o que contentan expresiones discriminatorias, difamatorias o contrarias a la ley existente.

Please enter your name here

Este sitio emprega Akismet para reducir o spam. Aprende como se procesan os datos dos teus comentarios.