O traballo está liderado polos investigadores Antonio Salas (esquerda) e Federico Martinón. Foto: Santi Alvite/USC.
O traballo está liderado polos investigadores Antonio Salas (esquerda) e Federico Martinón. Foto: Santi Alvite/USC.

Científicos galegos cuestionan un método usado para estudar as variantes do SARS-CoV-2

Unha investigación de profesores da USC expón as limitacións dos denominados "barcodes", que non permiten o estudo dos patróns de diversidade do virus

A técnica do ‘barcoding‘, un dos métodos usados para detectar as mutacións concretas do xenoma altamente variables nos virus, é inadecuada para o estudo dos patróns de biodiversidade do SARS-CoV-2, dada a súa resolución extremadamente limitada. É o que sostén unha investigación liderada polos profesores da USC e investigadores do IDIS Antonio Salas e Federico Martinón, e que acaba de publicar a revista Zoological Research. O traballo destaca, do mesmo xeito, que a metodoloxía non permita analizar a circulación de variantes actuais, senón soamente aquelas que xurdiron no inicio da pandemia.

“Desenvolvemos unha estratexia de análise que nos permite analizar en moi pouco tempo e de maneira moi eficaz miles de xenomas do virus; así, por exemplo, neste estudo analizamos 160.000 xenomas enteiros do virus e establecido un modelo de análise matemática que nos permitiu entender a variabilidade do virus desde unha dimensión diferente a como se fixo ata o momento, o que nos levou a concluír que os  barcodes ofrecen unha visión moi limitada da dinámica do virus”, explica Antonio Salas. Os investigadores apuntan a que a técnica do ‘barcoding’ podería ter sentido só naqueles casos nos que fose necesario facer un seguimento de cepas concretas que, co paso do tempo e as evidencias necesarias, puidesen demostrar que teñen unha maior virulencia ou unha capacidade de dispersión importante.

Un método “reducionista”

A investigación, explica a USC, baséase en dous piares fundamentais, por unha banda, un coñecemento importante dos patróns de variabilidade xenómica do virus, dende os inicios da pandemia ata o momento; e doutra banda, unha ampla experiencia no terreo da  filodinámica e estratexias semellantes aos ‘barcodes’ noutros ámbitos da xenómica, como é a xenética forense ou o estudo dos patróns de ancestralidade das poboacións humanas. Neste novo estudo, os científicos puideron desenvolver un algoritmo computacional baseado nunha medida de diversidade xenómica, a chamada entropía acumulada, onde demostran que a tan ben recibida metodoloxía dos barcodes non é acaída.

Os investigadores galegos despregan un amplo abanico de argumentos científicos que desmontan esta metodoloxía, que fora recibida con grande interese nos medios internacionais, especialmente no mundo anglosaxón. Nos últimos meses, estas iniciativas propuxeron unha maneira diferente de analizar os patróns de difusión do virus, baseándose no que se veu en denominar barcodes ou Informative Subtype Markers.

Fronte a isto, a investigación da USC expón elementos que cuestionan fortemente as achegas científicas presentadas ata o momento, e obrigan a unha reconsideración dos métodos propostos, a favor dun reforzo das metodoloxías baseadas na secuenciación completa do xenoma do virus. “A xenómica está a permitirnos entender como se move o SARS-CoV-2 e as súas variantes ao longo de todo o mundo, e o seu estudo achéganos ademais información sobre os modelos de transmisión. Entendemos que polo momento debemos estudar o xenoma enteiro do patóxeno, e evitar métodos reducionistas que achegan moi pouco ou nada á filodinámica do virus”, apuntan. Martinón engade que ”o uso de ‘barcodes’ non permite detectar a aparición de variantes de interese terapéutico, unha vez se demostre coas evidencias apropiadas que efectivamente poidan xogar un papel funcional na pandemia, xa sexa na transmisión ou na virulencia. O caso da nova cepa inglesa, por exemplo, da que tanto se puido escoitar nos medios, non podería ser rastrexada mediante esta metodoloxía”.

Un dos campos de investigación máis importantes na pandemia da Covid-19 é o seguimento das variantes xenéticas do patóxeno. Unha das estratexias de investigación máis importantes foi a secuenciación do xenoma (ARN) completo do SARS-CoV-2. Grazas a estes esforzos de investigación, os grupos de investigación conseguiron trazar o movemento do virus a distintas escalas xeográficas, entre continentes ou mesmo dentro de países ou rexións. Os investigadores do IDIS teñen publicado varios traballos de investigación no ámbito da Covid-19.

Dous estudos pioneiros deste grupo de investigación focalizáronse precisamente na análise exhaustiva dos patróns de difusión do virus a escala continental, e a nivel estatal. Segundo Salas, “seguimos a traballar dende distintos ángulos a Covid-19; estamos interesados tanto no estudo da bioloxía dos doentes, e dicir, as posibles condicións xenéticas que os fan máis susceptibles ou os protexen do virus, como na perspectiva do xenoma do coronavirus, onde ao longo destes meses fixemos avances relevantes en canto a variabilidade do virus e o modelo de transmisión baseado no súper-contaxio”.


Referencia: Pitfalls of barcodes in the study of worldwide SARS-CoV-2 variation and phylodynamics (Publicado en Zoological Research).

DEIXAR UNHA RESPOSTA

Please enter your comment!
POLÍTICA DE COMENTARIOS:

GCiencia non publicará comentarios ofensivos, que non sexan respectuosos ou que conteñan expresións discriminatorias, difamatorias ou contrarias á lexislación vixente.

GCiencia no publicará comentarios ofensivos, que no sean respetuosos o que contentan expresiones discriminatorias, difamatorias o contrarias a la ley existente.

Please enter your name here

Este sitio emprega Akismet para reducir o spam. Aprende como se procesan os datos dos teus comentarios.