Procedemento do DNA metabarcoding. Fonte: AllGenetics.
Procedemento do DNA metabarcoding. Fonte: AllGenetics.

A revolución do DNA metabarcoding medra na Coruña

A investigación xenética está experimentando un gran avance nos últimos anos grazas ao desenvolvemento das técnicas de secuenciación masiva e á bioinformática. A información xenómica é cada vez máis accesible para a comunidade científica e para as empresas especializadas. Moitas veces, esta información obtense en condicións de laboratorio, máis estímase que un 99% do total da diversidade microbiana non medra nesas condicións, e por tanto non se poden identificar na maioría das análises. Pero agora xa é posible recoller todos os datos xenómicos en mostras complexas, o que abre un gran abano de posibilidades de investigación, e tamén no eido industrial. Un destes métodos é o DNA metabarcoding, unha técnica de secuenciación na que a empresa galega AllGenetics é unha referencia europea.

A doutora Neus Marí-Mena, durante unha estadía de investigación no Istituto per lo Studio degli Ecosistemi (Verbania, Italia) no marco do programa DNAaqua-Net.
A doutora Neus Marí-Mena, durante unha estadía de investigación no Istituto per lo Studio degli Ecosistemi (Verbania, Italia) no marco do programa DNAaqua-Net.

Este método permite estudar, por exemplo, todas as especies de bacterias presentes nunha mostra de terra, ou as especies de larvas de peixes que hai nunha mostra de auga de mar. En palabras da doutora Neus Marí-Mena, responsable de proxectos de AllGenetics, o DNA metabarcoding “supón unha revolución á hora de identificar as especies presentes en mostras biolóxicas debido a que é un método que produce unha gran cantidade de datos xenéticos a un prezo ‘por secuencia de ADN’ infinitamente máis baixo que a tecnoloxía anterior, coñecida como DNA barcoding“.

Método do DNA metabarcoding

“Para poder analizar unha mostra mediante DNA metabarcoding – explica Neus Marí – é preciso seguir unha serie de pasos no laboratorio: extraer ADN da mostra, preparar a xenoteca e secuenciar as mostras mediante secuenciación masiva; e a continuación realízase a análise bioinformática dos datos obtidos no secuenciador”.

A técnica tamén serve para estudar a dieta dos animais a partir dos seus contidos gástricos ou dos seus excrementos, o que ten unha importante repercusión na ecoloxía: así pode mellorarse a caracterización das relacións tróficas entre especies. Neste senso, AllGenetics colaborou en varios traballos publicados recentemente en Scientific Reports ou Molecular Ecology, onde os investigadores foron capaces de analizar a dieta de organismos minúsculos, como as larvas de cefalópodos ou os ácaros das plumas.

O método que emprega AllGenetics ten importantes aplicacións en diversos sectores industriais

Outra das opcións deste novidoso método impulsado por AllGenetics son os estudos de monitorización ambiental, nos que se fai necesario detectar a presenza de especies indicadoras dunha boa calidade dos ecosistemas. Grazas a isto, a empresa coruñesa está a participar no DNAqua-Net, unha rede de investigación europea que ten por obxectivo a estandarización de protocolos de DNA metabarcoding para empregalo nos controis de calidade de augas fluviais, a través da detección de macroinvertebrados acuáticos.

As posibilidades de análise da técnica tamén se estenden á industria. No sector agrícola, por exemplo, o método facilita en gran medida o estudo das comunidades microbianas nos solos de cultivos, sexa para avaliar a produtividade ou para detectar patóxenos. No caso da viticultura, o estudo da microbiota do solo é unha ferramenta cada vez máis demandada polas empresas do sector para caracterizar o ‘terroir‘, o conxunto de factores que inflúen de xeito directo nas propiedades do viño.

Típica gráfica dun estudo de DNA metabarcoding na que se amosa a diversidade bacteriana (neste caso, a nivel de filo) obtida en seis mostras ambientais.
Típica gráfica dun estudo de DNA metabarcoding na que se amosa a diversidade bacteriana (neste caso, a nivel de filo) obtida en seis mostras ambientais.

No eido das augas residuais urbanas e industriais, o DNA metabarcoding tamén é clave para estudar os procesos microbianos que se empregan no tratamento biolóxico das augas, así como para calcular a eficacia do tratamento de depuración que se aplica nestes casos.

Outra das industrias que se beneficia desta técnica é a alimentaria: é posible, grazas a ela, detectar fraude alimentario cando nun alimento aparecen especies non indicadas na etiquetaxe, como aconteceu, por exemplo, en Estados Unidos no 2013 respecto a diversos suplementos alimenticios. Do mesmo xeito, é posible identificar as especies cárnicas presentes nunha hamburguesa ou caracterizar a composición floral das meles.

Reunión internacional na Coruña

Os días 27 e 28 de xuño, AllGenetics dará un paso máis súa posición de referencia respecto a esta técnica, coa celebración dunha reunión internacional na Coruña, organizada xunto á Universidade da Coruña e o Instituto de Investigación Biomédica da Coruña. O workshop, que se celebrará no Centro de Investigacións Científicas Avanzadas (CICA) da UDC, contará coa participación de 18 especialistas que falarán sobre diversos aspectos do DNA Metabarcoding e as súas aplicacións nas diferentes áreas. Agárdase a participación dun cento de persoas dunha decena de países.

DEIXAR UNHA RESPOSTA

Please enter your comment!
POLÍTICA DE COMENTARIOS:

GCiencia non publicará comentarios ofensivos, que non sexan respectuosos ou que conteñan expresións discriminatorias, difamatorias ou contrarias á lexislación vixente.

GCiencia no publicará comentarios ofensivos, que no sean respetuosos o que contentan expresiones discriminatorias, difamatorias o contrarias a la ley existente.

Please enter your name here

Este sitio emprega Akismet para reducir o spam. Aprende como se procesan os datos dos teus comentarios.